معرفی کتاب
تماس با من
پروفایل من
نویسنده (های) وبلاگ معرفی کتاب
آرشیو وبلاگ
      معرفی کتاب ()
ژنتیک مولکولی باکتری‌ها نویسنده: معرفی کتاب - پنجشنبه ٢٤ فروردین ،۱۳٩۱



نام کتاب: ژنتیک مولکولی باکتری‌ها

ناشر: انتشارات اندیشه‌سرا (با ﻣﺴﺅولیت بهزاد پاکروح)

http://www.andishehsara.org/

نویسندگان: جرمی دبلیو دیل  سیمون پارک  jeremy w. dale& simon park

مترجمان: دکتر سید رضا کاظمی نژاد  زهرا ژور رمضان  شکوه غفاری

 

فهرست

فصل اول: ساختار و عملکرد اسیدهای نوکلئیک

1-1 ساختار اسیدهای نوکلئیک

1-1-1 DNA

1-1-2 RNA

1-1-3 برهمکنش های هیدروفوبی

1-1-4 اشکال متفاوت مارپیچ دورشته‌ای

1-1-5 سوپرکویل

فعالیت توپوایزومرازها و تنظیم توپولوژی DNA

1-1-6 واسرشت شدن و هیبریداسیون

1-1-7 جهت گیری رشته های اسید نوکلئیک

1-2 همانندسازی DNA

1-2-1 بازشدن و پیچش دوباره

1-2-2 صحت همانندسازی: تصحیح خطا

1-3 همانندسازی کروموزوم و تقسیم سلول

1-4 ترمیم DNA

1-4-1 ترمیم عدم تطابق

1-4-2 ترمیم برش بازی

1-4-3 ترمیم نوترکیبی(پس از همانندسازی)

1-4-1 ترمیم SOS

1-5 بیان ژن

1-5-1 نسخه برداری

خاتمه دهنده های نسخه برداری

1-5-2 ترجمه

رمز ژنتیکی

ریبوزوم ها

RNA ناقل

مکانیسم سنتز پروتئین

1-5-3 وقایع بعد از ترجمه

ترشح

سایر تغییرات پس از ترجمه

1-6 سازمان دهی ژن

 

فصل دوم: موتاسیون و تنوع ژنتیکی

2-1 تنوع و تکامل

2-1-1 آزمون ناپایداری

2-1-2 موتاسیون هدایت شده در باکتری ها

2-2 انواع موتاسیون ها

2-2-1 موتاسیون های نقطه ای

2-2-2 موتانت های شرطی

2-2-3 تنوع به دلیل تغییرات گسترده DNA

2-2-4 عوامل خارج کروموزومی و انتقال افقی ژن

2-3 فنوتیپ ها

2-4 بازیابی فنوتیپ

2-4-1 بازپیدایی و مهار

2-4-2 مکمل سازی

2-5 نوترکیبی

2-6 مکانیسم های موتاسیون

2-6-1 موتاسیون خودبخودی

2-6-2 موتاژن های شیمیایی

2-6-3 اشعه فرابنفش

فعال سازی نوری

ترمیم SOS

2-7 جداسازی و شناسایی موتانت ها

2-7-1 موتاسیون و انتخاب

2-7-2 رپلیکا پلیتینگ

2-7-3 غنی سازی پنی سیلین

2-7-4 جداسازی سایر موتانت ها

2-7-5 روش های مولکولی

ژل الکتروفورز

واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR)

پروب های ژنی و ساترن بلاتینگ

تعیین توالی DNA

 

فصل سوم: تنظیم بیان ژن

3-1 تعداد کپی ژن

3-2 کنترل نسخه برداری

3-2-1 پروموترها

اوپرون ها و تنظیم کننده ها

پروموترهای دیگر و فاکتورهایσ

فاکتورهای ضد سیگما

3-2-2 پایان دهندگان، تضعیف کنندگان ضدپایان دهندگان

3-2-3 القا و مهار: پروتئین های تنظیمی

اوپرون lac

موتاسیون های تنظیمی اُپرون lac

مهار کاتابولیک

اپرون آرابینوز

سایر تنظیم کنندگان نسخه برداری

3-2-4 تضعیف: اُپرون trp

3-2-5 سیستم های تنظیمی دوجزئی

3-2-6 سیستم های تنظیم عمومی

3-2-7 تنظیم کننده RpoS و شرایط غنی از مواد غذایی یا فقدان آن

3-2-8 کوئروم سنسینگ

3-3- کنترل ترجمه

3-3-1 اتصال به ریبوزوم

3-3-2 کاربرد کدون

3-3-3 پاسخ شدید

3-3-4 RNA تنظیم

3-3-5 تغییرپذیری مرحله ای

 

فصل چهارم: ژنتیک باکتریوفاژها

4-1 باکتریوفاژهای دارای DNA تک رشته ای

4-1-1 ØX174

4-1-2 M13

4-2 فاژهای دارای RNA: MS2

4-3 فاژهای دارای DNA دورشته ای

4-3-1 باکتریوفاژ T4

همانندسازی و بسته بندی

کنترل ایجاد فاژ

4-3-2 باکتریوفاژ لامبدا

همانندسازی و بسته بندی

لیزوژنی

4-3-3 تنظیم لیتیک و لیزوژنیک باکتریوفاژ لامبدا

کنترل موقت چرخه لیتیک

کنترل لیزوژنی

مکانیسم اتصال سرکوبگر و پروتئین های Cro
به جایگاه اوپراتور

ایمنی در برابر عفونت مجدد و القا زیگوتیک

4-4 محدودیت و تغییر

4-5 مکمل سازی و نوترکیبی

4-6 چرا باکتریوفاژها اهمیت دارند؟

4-4-1 طبقه بندی کردن توسط فاژ (فاژ تایپینگ)

4-6-2 فاژ درمانی

4-6-3 نمایش فاژی

4-6-4 ویرولانس باکتریایی و تبدیل فاژی

 

فصل 5: پلاسمیدها

5-1 برخی از خصوصیات باکتریایی توسط پلاسمیدها تعیین می شود

5-1-1 مقاومت آنتی بیوتیکی

5-1-2 کلی سین ها و باکتریوسین ها

5-1-3 شاخص های ویرولانس

5-1-4 پلاسمیدها در باکتری های مرتبط با گیاهان

5-1-5 فعالیت های متابولیک

تجزیه زیستی و بیورمدییشن

5-2 ویژگی های مولکولی پلاسمیدها

5-2-1 همانندسازی پلاسمید کنترل آن

همانندسازیColE1

همانند سازی R100

کنترل همانندسازی پلاسمید توسط تکرارهای DNA (ایترون ها)

همانندسازی پلاسمید از طریق اشکال تک رشته ای

همانندسازی پلاسمیدهای خطی

5-3 پایداری پلاسمید

5-3-1 تمامیت پلاسمید

5-3-2 تفکیک در تقسیم سلولی

5-3-3 میزان رشد تمایزی

5-4 روش های مطالعه پلاسمیدها

5-4-1 پیوستگی یک پلاسمید با یک فنوتیپ

5-4-2 طبقه بندی پلاسمیدها

گروه های ناسازگار

طیف میزبان

توصیف ویژگی های مولکولی

 

فصل 6: انتقال ژن

6-1 ترانسفورمیشن

6-2 کونجوگیشن

6-2-1 مکانیسم کونجوگاسیون

تشکیل جفت‌هایی برای جفت گیری

انتقال DNA

تحرک و انتقال کروموزومی

6-2-2 پلاسمید F

سویه‌های Hfr

تلفیق و برش پلاسمیدF: تشکیل پلاسمیدهای َF

6-2-3 کونجوگیشن در باکتری های دیگر

ترانس پوزون‌های کونجوگاتیو

6-3 ترانس داکشن

6-3-1 ترانس داکشن اختصاصی

6-4 نوترکیبی

6-4-1 نوترکیبی عمومی (همولوگ)

مدلی برای فرآیند نوترکیبی

آنزیم های دخیل در نو ترکیبی

نتایج نوترکیبی

فصل 7: انعطاف ژنومی: ژن های متحرک و تغییرپذیری مرحله ای

7-1 توالی های الحاقی

7-1-1 ساختار توالی های الحاقی

7-1-2 ایجاد توالی های الحاقی

7-2 ترانسپوزون ها

7-2-1 ساختار ترانسپوزون

7-2-2 اینتگرون ها

7-3 مکانیسم جابه جایی  (ترانسپوزیشن)

7-3-1 جابه جایی تکثیری

اساس مولکولی جابه جایی تکثیری

7-3-2 جابه جایی غیر تکثیری (حفاظت شده)

7-3-3 تنظیم مکانیسم جابه جایی

7-3-4 فعال سازی ژن ها با استفاده از عناصر متحرک

7-3-5 Mu: یک باکتریوفاژ متحرک

7-3-6 ترانسپوزون های کونجوگاتیو و دیگر عناصر متحرک

7-4 تغییر مرحله ای

7-4-1 تغییر مرحله ای توسط وارونگی DNA

7-4-2 تغییر مرحله ای توسط وارونگی DNA لانه گزینی......

7-4-3 تنوع آنتی ژنی در جنس گونوکوکوس

7-4-4 تغییر مرحله ای توسط عدم تطابق رشته خطادار

7-5-5 تغییر مرحله ای توسط متیلاسیون تمایزی DNA

 

فصل هشتم: تغییر ژنتیکی: پتانسیل بهره برداری از باکتری ها

8-1 ایجاد سویه

8-1-1 ایجاد تنوع

8-1-2 انتخاب واریانت های مطلوب

8-2 تولید بیش از حد متابولیت های اولیه

8-2-1 مسیرهای ساده

تنظیم فیدبک

آنتی متابولیت ها

8-2-2 مسیرهای منشعب

تولید لیزین

تولید اسید گلوتامیک

8-3 تولید بیش از حد متابولیت های ثانویه

8-4 کلونینگ ژن ها

8-4-1 برش و اتصالDNA 

8-4-2 وکتورهای پلاسمیدی

مبدا همانندسازی

مارکر انتخابی

جایگاه کلونینگ

غیرفعال سازی دخولی

8-4-3 ترانسفورماسیون

8-4-4 وکتورهای باکتریوفاژ لامبدا

وکتورهای دخولی

وکتورهای جایگزین

8-4-5 کلونینگ قطعات بزرگ

8-4-6 وکتورهای باکتریوفاژM13

8-5 کتابخانه های ژنی

8-5-1 ایجاد کتابخانه های ژنومی

8-5-2 غربالگری یک کتابخانه ژنی

غربالگری با استفاده از پروب های ژنی

واکنش زنجیره ای پلیمراز

غربالگری کتابخانه های ژنی با استفاده از آنتی‌بادی‌ها

غربالگری کتابخانه های ژنی توسط مکمل سازی

8-5-3 ایجاد یک کتابخانهcDNA 

8-6 محصولات ژن های کلون شده

8-6-1 وکتورهای بیانی

وکتور λ gt11

به حداکثر رساندن تشکیل محصول

8-6-2 ساختن ژن های جدید

سنتز DNA

موتاژنز وابسته به جایگاه

مهندسی پروتئین

تکامل عملکرد پروتئین در شرایطin vitro 

8-6-3 میزبان های باکتریایی دیگر

وکتورهای شاتل

ترانسفورمیشن پروتوپلاست

الکتروپوریش

آگروباکتریوم تومفاشنس: مهندس ژنتیک طبیعت

8-6-4 واکسن های جدید

8-7 کاربردهای دیگر تکنولوژی ژن

 

فصل 9: روش های ژنتیکی مطالعه باکتری ها

9-1 مسیرهای متابولیکی

9-1-1 مکمل سازی

9-1-2 تغذیه متقاطع

9-2 فیزیولوژی میکروبی

9-2-1 ژن های گزارشگر

9-2-2 لیزوژنی

9-2-3 تقسیم سلولی

4-2-9 حرکت و کموتاکسی

9-2-5 تمایز سلولی

اسپورولاسیون در باسیلوس سوبتلیس

اسپورولاسیون در استرپتومایسس

ارتباط و تمایز

9-3 ویرولانس باکتریایی

9-3-1 مکانیسم های وسیع پاتوژنز باکتریایی

9-3-2 تشخیص ژن های ویرولانس

فن آوری بیان در شرایط vivo in

موتاژنز نشاندارشده

9-4 موتاژنز خاص

9-4-1 جایگزینی ژن

9-4-2 RNA آنتی سنس

9-5 تاکسونومی، تکامل و اپیدمیولوژی

9-5-1 تاکسونومی مولکولی

9-5-2 استفاده تشخیصی از PCR

9-5-3 اپیدمیولوژی مولکولی

 

فصل 10: از ترسیم نقشه ژنتیکی تا ژنومیکس

10-1 ترسیم نقشه ژنتیکی

10-1-1 آنالیز کونجوگیشنال

10-1-2 ترانس فورمیشن مختلط و دترانس داکشن مختلط

10-1-3 تکنیک های مولکولی برای ترسیم ژن

کتابخانه های ژن

ترسیم نقشه ژنی محدود و ژل الکتروفورز پالس فیلد

10-2 تعیین توالی ژن

10-2-1 تعیین توالی DNA

10-2- 2 تعیین توالی ژنوم

استراتژی های تعیین توالی ژنوم

10- 2- 3 ژنومیک های تطبیقی

ریزآرایه ها

پلی مورفیسم توالی

10-2-4 بیوانفورماتیک

10-3 نقشه های ژنتیکی و نقشه های فیزیکی

10-3-1 حذف ها و دخول ها

10-3-2 موتاژنز ترانسپوزون

10-3-3 جایگزینی ژن

10-3-4 موتاژنز وابسته به جایگاه

10-4 آنالیزبیان ژن

10-4-1 آنالیز ترجمه ای

نورترن بلات ها و RT-PCR

Real-Time PCR

آنالیز بیان mRNA با استفاده از ریزآرایه

10-4-2 آنالیزترجمه ای

وسترن بلات

آنالیز بیان ژن با استفاده از پروتئومیکس

10-4-3 آنالیز سیستماتیک عملکرد ژن

 

مقدمه

     زمانی که اولین ویرایش این کتاب در سال 1989 انتشار یافت، تعیین توالی DNA منحصر به تعیین هویت ژن های منفرد کلون یافته بود؛ برخی از ویروس ها نیز به طور کامل تعیین توالی شده بودند، اما تعیین توالی کامل ژنوم باکتریایی هنوز مسیر طولانی را در پیش رو داشت. حتی در ویرایش دوم (1994) این کتاب پروژه های تعیین توالی ژنوم برای چندین گونه باکتریایی در حال اجرا بود. اولین توالی کامل ژنوم در سال 1995 گزارش شد. در ویرایش سوم کتاب (1998)، فهرستی از باکتری هایی که به طور کامل تعیین توالی شده بود، ارائه گردید. درحال حاضر، با استفاده از روش های اتوماتیک کامپیوتری توالی های ژنومی جدید به صورت هفتگی و حتی روزانه تعیین می شوند. همزمان با این پیشرفت ها، واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) و اخیرا نیز تکنیک های پروتئومیکس و ریزآرایه که از اطلاعات توالی ژنوم برای آنالیز کلی بیان ژن استفاده می کند، ظهور یافتند.

     با این پیشرفت ها بسیاری از تکنیک های کلاسیک مورد استفاده در ژنتیک باکتریایی به صفحات تاریخ پیوست و مشکلات زیادی در نوشتار و به روزرسانی کتابی مشابه این کتاب ایجاد شد. حذف کامل روش های قدیمی به معنای از دست دادن درک چگونگی پیشرفت موضوع تا مرحله کنونی می باشد. همچنین برای درک کامل نقش  ژن های خاص در بیولوژی یک ارگانیسم، ناگزیر از مطالعه خود ارگانیسم به جای آنالیز توالی DNA در کامپیوتر می باشیم. بنابراین ره یافتی که ما اختیار کردیم عبارت از خلاصه کردن روش های کلاسیک با حفظ دورنمای تاریخی به قدر کفایت می باشد. به این ترتیب این کتاب، شامل مقدمه ای کامل بر دنیای ژنومیکس و فراژنومیکس (مطالعه توالی های ژنوم و استفاده از اطلاعات حاصل از آن برای آنالیز بیان ژن و خصوصیات دیگر) و همچنین بحث روش هایی است که با استفاده از آن ها دانش ما درباره خصوصیات بیولوژیک خود ارگانیسم ها از طریق مطالعه ژنتیک (با روش های مولکولی یا کلاسیک) باکتریایی افزایش می یابد.

 

  نظرات ()
مطالب اخیر ژنتیک از دیدگاه حل مسأله شستشوی شیمیایی در صنعت و روش‌های انجام تست‌های کنترل کیفیت به همراه ده‌ها فرمول طراحی مخازن ذخیره‌ی اتمسفریک با نرم‌افزار TANK هایپرکم، ابزاری برای مدل‌سازی مولکولی نانوتکنولوژی و کاربرد آن در صنعت پلیمر ابزار دقیق طراحی و تحلیل مهندسی با نرم‏افزار ANSYS طراحی و تحلیل آنالیزهای ویژه با ANSYS فرآیند جذب سطحی و شبیه‌سازی آن با نرم‌افزارASPEN ADSIM شبیه‌سازی فرآیندهای پلیمری با ASPEN Polymer Plus
کلمات کلیدی وبلاگ ابزار دقیق (۱) مقررات شهرسازی و معماری (۱) شیمی فضایی (191 مسأله همراه با پاسخ) (۱) ژنتیک مولکولی باکتری‌ها (۱) سنتز ترکیبات آلی دارویی (۱)
دوستان من انتشارات اندیشه سرا هزینه انتشار کتاب وبلاگ بهزاد پاکروح کتابفروشی های شهرستان ها کتابفروشی های تهران کارت تخفیف خرید کتاب معرفی کتاب اخبار فناوری اطلاعات طراح قالب