هایپرکم، ابزاری برای مدل‌سازی مولکولی

نام کتاب: هایپرکم، ابزاری برای مدل‌سازی مولکولی

ناشر: انتشارات اندیشه‌سرا (با ﻣﺴﺅولیت بهزاد پاکروح)

http://www.andishehsara.org/

تألیف: امین یوسفی‌راد، روجا وظیفه‌شناس و دکتر آذر باقری ‌قمی

ویراسته‌ی: مهندس هاجر محوی و فاطمه رمضانی

 

فهرست مطالب

بخش 1 اجرای برنامه و معرفی ابزار موجود در محیط هایپرکم

1.1 اجرای برنامه 2.1 معرفی امکانات موجود در محیط هایپرکم

3.1‌ کلید‌های میان‌بر جهت دسترسی آسان‌تر ‌به‌ امکانات و ابزار موجود در نرم‌افزار هایپرکم

4.1 معرفی شکل و کاربرد هر یک از ابزارهای موجود در هایپر کم

5.1 رسم یک مولکول

بخش2 محتویات منو و عمل‌کرد هر یک از گزینه‌های آن

1.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منوی File

1.2.1 Menu / File / New

1.2.2 Menu / File / Open

1.2.3 Menu / File / Merge

1.2.4 Menu / File / Save

1.2.5 Menu / File / Save As

1.2.6 Menu / File / Start Log

1.2.7 Menu / File / Stop Log

1.2.8 Menu / File / Log Comments

1.2.9 Menu / File / Import

1.2.10 Menu / File  / Export

1.2.11 Menu / File / Print

1.2.12 Menu / File / Preferences

1.2.13 Menu / File / Exit

2.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منوی Edit

2.2.1 Menu / Edit / Clear

2.2.2 Menu / Edit / Cut

2.2.3 Menu / Edit / Copy.

2.2.4 Menu / Edit / Copy Isis Sketch

2.2.5 Menu / Edit / Paste

2.2.6 Menu / Edit / Copy Image

2.2.7 Menu / Edit / Invert

2.2.8 Menu / Edit / Reflect

2.2.9 Menu / Edit / Rotate

2.2.10 Menu / Edit / Translate

2.2.11 Menu / Edit / Zoom

2.2.12 Menu / Edit / Z Clip

2.2.13 Menu / Edit / Align Viewer

2.2.14 Menu / Edit / Align Molecules

2.2.15 Menu / Edit / Set Bond Length

2.2.16 Menu / Edit / Set Bond Angle

2.2.17 Menu / Edit / Set Bond Torsion

3.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منوی Build:

3.2.1 Menu / Build / Explicit Hydrogens

3.2.2 Menu / Build / Default Element

3.2.3 Menu / Build / Add Hydrogens

3.2.4 Menu / Build / Model Build

3.2.5 Menu / Build / Allow Ions

3.2.6 Menu / Build / United Atoms

3.2.7 Menu / Build / All Atoms

3.2.8 Menu / Build / Calculate Types

3.2.9 Menu / Build / Compile Type Rules

3.2.10 Menu / Build / Set Atom Type

3.2.11 Menu / Build / Set Mass

3.2.12 Menu / Build / Set Charge

3.2.13 Menu / Build / Constrain Geometry

3.2.14 Menu / Build / Constrain Bond Length

3.2.15 Menu / Build / Constrain Bond Angle

3.2.16Menu  / Build / Constrain Torsion

4.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منویSelect

4.2.1 Menu / Select / Atoms

4.2.2 Menu / Select / Residues

4.2.3 Menu / Select / Molecules

4.2.4 Menu / Select / Multiple Selections

4.2.5 Menu / Select / Select Sphere

4.2.6 Menu / Select / Select All

4.2.7Menu / Select / Complement Selection

4.2.8 Menu / Select / Select

4.2.9 Menu / Select / Name Selection

4.2.10 Menu / Select / Extend Ring

4.2.11 Menu / Select / Extend Side Chain

4.2.12 Menu / Select / Extend To Sp3

4.2.13 Menu / Select / Back Bone

5.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منویDisplay

5.2.1 Menu / Display / Select To Fit

5.2.2 Menu / Display / Overlay

5.2.3 Menu / Display / Show All

5.2.4 Menu / Display / Hide Selection

5.2.5 Menu / Display / Show Selection Only

5.2.6 Menu / Display / Rendering

5.2.7 Menu / Display / Last Rendering

5.2.8 Menu / Display / Show Isosurface

5.2.9 Menu / Display Isosurface

5.2.10 Menu / Display Show Hydrogen /.

5.2.11 Menu / Display Periodic Box

5.2.12 Menu / Display  Show Multiple Bond

5.2.13 Menu / Display  Show Hydrogen Bond

5.2.14 Menu / Display / Recomputed H Bonds

5.2.15 Menu / Display / Show Inertial Axes

5.2.16 Menu / Display / Show Dipole Moment

5.2.17 Menu / Display / Labels

5.2.18 Menu / Display / Color

5.2.19 Menu / Display / Element Color

 

6.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منوی Data Bases

6.2.1 Menu / Data Bases / Amino Acids

6.2.2 Menu / Data Bases / Make  Zwitterions

6.2.3 Menu / Data Bases / Remove Iconic Ends

6.2.4 Menu / Data Bases / Nucleic Acids

6.2.5 Menu / Data Bases / Add Counter Ions

6.2.6 Menu / Data Bases / Mutate

7.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منوی Setup

7.2.1 Menu / Setup / Molecular Mechanics

7.2.2 Menu / Setup / Semi Empirical

7.2.3 Menu / Setup / Ab Initio

7.2.4 Menu / Setup / Network

7.2.5 Menu / Setup / Periodic Box

7.2.6 Menu / Setup / Restraints

7.2.7 Menu / Setup / Set Velocity

7.2.8 Menu / Setup / Select Parameter Set

7.2.9 Menu / Setup / Compile Parameter File

7.2.10 Menu / Setup / Reaction Map

8.2 کاربرد گزینه‌های موجود در منوی  Compute(منوی محاسبات)

8.2.1 Menu / Compute / Single Point

8.2.2 Menu / Compute / Geometry Optimization

8.2.3 Menu / Compute / Molecular Dynamics

8.2.4 Menu / Compute / Langevin Dynamics

8.2.5 Menu / Compute / Monte Carlo

8.2.6 Menu / Compute / Vibrations

8.2.7 Menu / Compute / Transition State

8.2.8 Menu / Compute / plot molecular properties

8.2.9 Menu / Compute / Orbitals

8.2.10 Menu / Compute / Vibrational Spectrum

8.2.11  Menu / Compute / Electronic  Spectrum

8.2.12 Menu / Open script

8.2.13 Menu / Cancel

 

/ 0 نظر / 85 بازدید